Zajímavé mokřadní lokality najdeme například ve Valašském muzeu v přírodě v Rožnově pod Radhoštěm, v údolí potoka Kněhyně, kde leží přírodní památka Pod Juráškou nebo přírodní památka Kudlačena. V těsné blízkosti Stříteže nad Bečvou se nachází přírodní památka Rákosina, kde žijí chráněné druhy obojživelníků a ptáků. V okolí Hovězí jsou chráněné orchidejové louky v Potokách, menší lokality s mokřady a květnatými loukami v Hovízkách, na Sušce a v Hořansku.
Jedinečný zbytek přirozených horských lesů je chráněn v národní přírodní rezervaci Kněhyně-Čertův mlýn. K cenným lesním rezervacím patří zbytek pralesovitého jedlobukového lesa Kutaný, Halvovský potok, Makyta-Valašská Kyčera, Brodská nebo Razula s nejstaršími jedlemi ve věku 300-350 let. Galovské lúky představují jednu z nejvýznamnějších enkláv horských luk v Javorníkách s početnou populací vstavačů. K cenným lesním rezervacím patří také Pulčín-Hradisko.
K nejvzácnějším živočichům Beskyd a Javorníků patří tetřev hlušec, který byl pozorován v rezervaci Kněhyně-Čertův mlýn. Rys, medvěd a vlk se vyskytují například v rezervaci Makyta-Valašská Kyčera. V národní přírodní rezervaci Razula je možné obdivovat jedlobukový pralesovitý porost s jedlemi starými až 350 let a buky přes 200 let. K bohatým nalezištím vstavačů patří například Jedlovina, Stříbrník nebo Galovské lúky. Rezervace Kutaný je pro změnu výjimečně bohatá na houby, kterých zde bylo zjištěno na 191 druhů.
Unikátní přírodní bohatství představuje také více než stovka starých odrůd ovoce a mizejících plevelů z ploch Valašského muzea v přírodě v Rožnově pod Radhoštěm.
K jeskyním regionu patří Kněhyňská jeskyně s hloubkou podzemí až 58 m, nejdelší beskydská pseudokrasová jeskyně Cyrilka na Pustevnách s délkou 370 metrů je, největší skalní město v pískovcích moravské části Karpat – Pulčínské skály, Čertovy skály poblíž Lidečka, které se táhnou v délce 150 m nebo 60 m dlouhá pískovcová skalní stěna Svantovítova skála. K zajímavým přírodním útvarům patří obří hrnce na pískovcových lavicích v korytě dolního toku Kněhyně.
Region se může pochlubit také množstvím památných stromů. Patří k nim například památná lípa na Solaneckém fojtství z roku 1657, lípa v Huslenkách, v jejímž kmeni se ukrývaly knihy pronásledovaných evangelíků, dutá Kobzova lípa ve Francově Lhotě stará 300-400 let, 500 let starý dub v Horní Lidči nebo buk na vrcholu Javorníku starý asi 300 let.
Rozhled na Beskydy a Javorníky umožňuje rozhledna Cyrilka na Radhošti i rozhledna na Čubově kopci u Francovy Lhoty.
K těm nejcennějším patří národní přírodní rezervace Kněhyně-Čertův mlýn, Razula, Makyta-Valašská Kyčera a Pulčín-Hradisko.